這是時(shí)代的標(biāo)志：一個(gè)面向多組學(xué)愛好者的應(yīng)用商店。到 2024 年底，多組學(xué)分析門戶(MAP) 將成為一站式計(jì)算機(jī)應(yīng)用程序商店，能夠理解各種海量組學(xué)數(shù)據(jù)。基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等所有這些都?xì)g迎。

太平洋西北國(guó)家實(shí)驗(yàn)室 (PNNL) 和環(huán)境分子科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的數(shù)據(jù)科學(xué)家 Lisa Bramer 和生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家 Kelly Stratton 幾年前開始開發(fā)這家商店。到目前為止，該團(tuán)隊(duì)已經(jīng)發(fā)布了兩個(gè)應(yīng)用程序的測(cè)試版，他們預(yù)計(jì)到今年年底將再推出四個(gè)應(yīng)用程序。

“我們正在嘗試創(chuàng)建一些易于使用但可擴(kuò)展的東西，”Bramer 說?！拔覀兊哪繕?biāo)是，每次我們需要整合新工具、新儀器或新技術(shù)時(shí)，不要將功能添加到單個(gè)超大應(yīng)用程序中。相反，我們可以創(chuàng)建這些更小、更簡(jiǎn)潔的應(yīng)用程序，并將它們放在一個(gè)地方，這樣研究人員就可以更輕松地盡早獲得數(shù)據(jù)。”

PNNL 生物醫(yī)學(xué)研究員 Sneha Couvillion 是 MAP 商店的早期采用者和粉絲。

“我很喜歡它，對(duì)于像我這樣的非統(tǒng)計(jì)學(xué)家來(lái)說，它是一款很棒的工具，可以對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行基本的統(tǒng)計(jì)分析。”Couvillion 說。她說，對(duì)于規(guī)模較小的研究來(lái)說，它特別有用，因?yàn)樗肟焖俨榭匆幌聰?shù)據(jù)，然后再?zèng)Q定如何進(jìn)行。

她補(bǔ)充說：“在學(xué)術(shù)界，擁有一支生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家團(tuán)隊(duì)并不常見。這是我們?cè)?PNNL 擁有的奢侈品?！钡f，即使擁有一支這樣的團(tuán)隊(duì)，數(shù)據(jù)分析的隊(duì)伍也會(huì)排長(zhǎng)隊(duì)。有了 MAP 及其應(yīng)用程序，研究人員現(xiàn)在可以隨時(shí)隨地自行深入研究數(shù)據(jù)。如果他們需要額外的分析，他們可以請(qǐng)一位生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家來(lái)幫忙。

它不僅是一套工具，也是一種流程改進(jìn)，Bramer 說?！巴ǔ＃瑢?shí)驗(yàn)會(huì)從設(shè)計(jì)到實(shí)驗(yàn)臺(tái)、儀器到數(shù)據(jù)分析，研究人員在生物統(tǒng)計(jì)學(xué)家與他們一起檢查之前是看不到數(shù)據(jù)的?！?/p>

借助 MAP 中的一款應(yīng)用 PMart，Couvillion 只需半小時(shí)就能用簡(jiǎn)單的數(shù)據(jù)集從原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為最終統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。這讓她可以仔細(xì)考慮信息并決定下一步——通常是進(jìn)行更大規(guī)模、設(shè)計(jì)更嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶?shí)驗(yàn)，這得感謝最初的數(shù)據(jù)。

多年來(lái)，可視化一直是數(shù)據(jù)分析的重要補(bǔ)充。有些人喜歡列表或文本行，而另一些人則喜歡圖片。在可視化出現(xiàn)之前，后者陷入困境，（可能）更難理解他們的數(shù)據(jù)。

在 PNNL 實(shí)驗(yàn)室指導(dǎo)研究與開發(fā)計(jì)劃的支持下，PMart 工具已擴(kuò)展為處理一般組學(xué)和其他數(shù)據(jù)類型。該工具現(xiàn)在執(zhí)行質(zhì)量控制并準(zhǔn)備數(shù)據(jù)以進(jìn)行統(tǒng)計(jì)比較。它還包括方便的摘要可視化 - 所有這些都可以單獨(dú)下載并保存用于報(bào)告，甚至包括統(tǒng)計(jì)員可以重現(xiàn)的計(jì)算命令。這對(duì)于科學(xué)界使用MAP 中的應(yīng)用程序但希望或需要與專家統(tǒng)計(jì)員一起進(jìn)一步分析的任何人尤其有用。

此外，應(yīng)用程序之間還可以傳輸數(shù)據(jù)以進(jìn)行進(jìn)一步分析。例如，PMart 可以生成進(jìn)入第二個(gè)應(yīng)用程序（稱為 MODE）的數(shù)據(jù)類型。

MODE 在發(fā)現(xiàn)趨勢(shì)和創(chuàng)建交互式視覺顯示方面非常出色。與主成分分析等傳統(tǒng)摘要圖表不同，后者可能會(huì)忽略顯示重要信息和發(fā)現(xiàn)，MODE 呈現(xiàn)了測(cè)量和分析的每個(gè)生物分子的詳細(xì)可視化，并有助于確定用戶要調(diào)查的發(fā)現(xiàn)的優(yōu)先順序。