這是時(shí)代的標志：一個(gè)面向多組學(xué)愛(ài)好者的應用商店。到 2024 年底，多組學(xué)分析門(mén)戶(hù)(MAP) 將成為一站式計算機應用程序商店，能夠理解各種海量組學(xué)數據?；蚪M學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)、轉錄組學(xué)等所有這些都歡迎。

太平洋西北國家實(shí)驗室 (PNNL) 和環(huán)境分子科學(xué)實(shí)驗室的數據科學(xué)家 Lisa Bramer 和生物統計學(xué)家 Kelly Stratton 幾年前開(kāi)始開(kāi)發(fā)這家商店。到目前為止，該團隊已經(jīng)發(fā)布了兩個(gè)應用程序的測試版，他們預計到今年年底將再推出四個(gè)應用程序。

“我們正在嘗試創(chuàng )建一些易于使用但可擴展的東西，”Bramer 說(shuō)?！拔覀兊哪繕耸?，每次我們需要整合新工具、新儀器或新技術(shù)時(shí)，不要將功能添加到單個(gè)超大應用程序中。相反，我們可以創(chuàng )建這些更小、更簡(jiǎn)潔的應用程序，并將它們放在一個(gè)地方，這樣研究人員就可以更輕松地盡早獲得數據?！?/p>

PNNL 生物醫學(xué)研究員 Sneha Couvillion 是 MAP 商店的早期采用者和粉絲。

“我很喜歡它，對于像我這樣的非統計學(xué)家來(lái)說(shuō)，它是一款很棒的工具，可以對數據進(jìn)行基本的統計分析?！盋ouvillion 說(shuō)。她說(shuō)，對于規模較小的研究來(lái)說(shuō)，它特別有用，因為她想快速查看一下數據，然后再決定如何進(jìn)行。

她補充說(shuō)：“在學(xué)術(shù)界，擁有一支生物統計學(xué)家團隊并不常見(jiàn)。這是我們在 PNNL 擁有的奢侈品?！钡f(shuō)，即使擁有一支這樣的團隊，數據分析的隊伍也會(huì )排長(cháng)隊。有了 MAP 及其應用程序，研究人員現在可以隨時(shí)隨地自行深入研究數據。如果他們需要額外的分析，他們可以請一位生物統計學(xué)家來(lái)幫忙。

它不僅是一套工具，也是一種流程改進(jìn)，Bramer 說(shuō)?！巴ǔ?，實(shí)驗會(huì )從設計到實(shí)驗臺、儀器到數據分析，研究人員在生物統計學(xué)家與他們一起檢查之前是看不到數據的?！?/p>

借助 MAP 中的一款應用 PMart，Couvillion 只需半小時(shí)就能用簡(jiǎn)單的數據集從原始數據轉化為最終統計數據。這讓她可以仔細考慮信息并決定下一步——通常是進(jìn)行更大規模、設計更嚴謹的實(shí)驗，這得感謝最初的數據。

多年來(lái)，可視化一直是數據分析的重要補充。有些人喜歡列表或文本行，而另一些人則喜歡圖片。在可視化出現之前，后者陷入困境，（可能）更難理解他們的數據。

在 PNNL 實(shí)驗室指導研究與開(kāi)發(fā)計劃的支持下，PMart 工具已擴展為處理一般組學(xué)和其他數據類(lèi)型。該工具現在執行質(zhì)量控制并準備數據以進(jìn)行統計比較。它還包括方便的摘要可視化 - 所有這些都可以單獨下載并保存用于報告，甚至包括統計員可以重現的計算命令。這對于科學(xué)界使用MAP 中的應用程序但希望或需要與專(zhuān)家統計員一起進(jìn)一步分析的任何人尤其有用。

此外，應用程序之間還可以傳輸數據以進(jìn)行進(jìn)一步分析。例如，PMart 可以生成進(jìn)入第二個(gè)應用程序（稱(chēng)為 MODE）的數據類(lèi)型。

MODE 在發(fā)現趨勢和創(chuàng )建交互式視覺(jué)顯示方面非常出色。與主成分分析等傳統摘要圖表不同，后者可能會(huì )忽略顯示重要信息和發(fā)現，MODE 呈現了測量和分析的每個(gè)生物分子的詳細可視化，并有助于確定用戶(hù)要調查的發(fā)現的優(yōu)先順序。